Jurnal yang dikelolah oleh Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) UHO terdiri dari dua jenis yaitu :

A. Jurnal Cetak yang terdiri dari dua :

• Aqua Hayati
• Bisnis Perikanan 

B. Jurnal Elektronik yang terdiri dari Empat :

1. Jurnal Manajemen Sumber Daya Perairan@PANDUAN BAGI PENULISAN JURNAL MSP
Jurnal Manajemen Sumber Daya Perairan,memuat hasil-hasil penelitian yang berkenaan dengan segala aspek bidang ilmu Sumber Daya Perairan.

2. Media Akuatika: Jurnal Ilmiah Jurusan Budidaya Perairan@PANDUAN BAGI PENULISAN JURNAL MEDIA AKUATIKA (BDP)
Jurnal Media Akuatika mempublikasikan hasil-hasil penelitian dalam lingkung budidaya perairan yaitu perikanan air tawar, payau dan laut.

3. Jurnal Sapa Laut (Jurnal Ilmu Kelautan)@PANDUAN BAGI PENULISAN JURNAL SAPA LAUT (IKL)
Jurnal ini mempublikasikan hasil-hasil penelitian mahasiswa yang berkenaan dengan segala aspek bidang ilmu Kelautan, baik itu dari biologi, kimia, fisika, dan geologi laut serta ilmu pengembangan di bidang bioteknologi kelautan.

4. Jurnal Sosial Ekonomi Perikanan

Jurnal Sosial Ekonomi Perikanan ini memuat hasil-hasil penelitian yang berkenaan dengan segala aspek bidang ilmu Sosial Ekonomi Perikanan.