Keadaan Program Studi yang dibuka pada Program Pascasarjana Universitas Halu Oleo Kendari mengalami perkembangan terhitung mulai tahun akademik 2009/2010, yang ditandai dengan adanya pembukaan konsentrasi baru disamping 8 (delapan) program studi yang sudah mendapat izin penyelenggaraan dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI. Selanjutnya pada tahun 2013 PPs UHO mendapatkan penambahan 7 (tujuh) program magister baru, yang berdiri berdasarkan mandat dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI. Ketujuh program studi mandat tersebut terdiri atas Program Magister Fisika, Program Magister Ilmu Perikanan, Program Magister Kimia, Program Magister Pendidikan Seni, Program Magister Peternakan, Program Magister Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, dan Program Magister Keguruan Bahasa. Pada tanggal 7 Mei 2014 Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI menetapkan Surat Keputusan Izin Penyelenggaran Program Studi Nomor: 63/E/O/2014, yang terdiri atas Program Magister Fisika, Program Magister Ilmu Perikanan, Program Magister Kimia, Program Magister Pendidikan Seni, Program Magister Peternakan, Program Magister Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, serta Program Magister Pendidikan IPA.  Data tentang program studi pada PPs UHO selengkapnya dapat dilihat pada tabel berikut:

Nama-Nama Program Studi  

No	Nama Program Studi	SK Dirjen DIKTI Nomor	Tanggal SK
PROGRAM DOKTOR (S-3)
1	Ilmu Pertanian	1054/E/T/2011	25 Juli 2011
2	Ilmu Manajemen	996/E/T/2011	14 Juli 2011
3	Ilmu Ekonomi	996/E/T/2011	14 Juli 2011
PROGRAM MAGISTER (S-2)
1	Agronomi	1739/D/T/2002 1057/D/T/2006 1710/D/T/K-N/2009	15 Agustus 2002 27 Maret 2006 31 Maret 2009
2	Agribisnis	1739/D/T/2002 1056/D/T/2006 1709/ D/T/K-N/2009	15 Agustus 2002 27 Maret 2006 31 Maret 2009
3	Ilmu Manajemen	798/D/T/2006 4600/D/T/2008	24 Pebruari 2006 19 Desember 2008
4	Administrasi Pembangunan	936/D/T/2006 3314/D/T/2008	17 Maret  2006 17 September 2008
5	Perencanaan dan Pengembangan Wilayah	3061/D/T/2006 1711/D/T/2009	23 Agustus  2006 31 Maret 2009
6	Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial	184/D/T/2007 2684/D/T/K-N/2009	30 Januari  2007 2 Juli 2009
7	Ilmu Ekonomi	4302/D/T/2008	28 Nopember 2008
8	Kajian Budaya	458/E/T/2011 617/E1.3/HK/2013
9	Pendidikan Matematikan	1782/E/T/2011	11 Nopember 2011
10	Fisika	63/E/T/2014	7 Mei 2014
11	Ilmu Perikanan	63/E/T/2014	7 Mei 2014
12	Kimia	63/E/T/2014	7 Mei 2014
13	Pendidikan Seni	63/E/T/2014	7 Mei 2014
14	Peternakan	63/E/T/2014	7 Mei 2014
15	Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia	63/E/T/2014	7 Mei 2014
16	Pendidikan IPA	63/E/T/2014	7 Mei 2014
17	Pendidikan Keguruan Bahasa	54/E.E2/DT/2014	28 Januari 2014