Universitas Halu Oleo (UHO) adalah Perguruan Tinggi Negeri (PTN) pertama di Sulawesi Tenggara yang diresmikan menjadi PTN pada tanggal 19 Agustus tahun 1981 oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi (Prof. Dr. A. Tisna Amidjaja) atas nama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia. Sejak diresmikan menjadi PTN, Universitas Halu Oleo telah mengalami kemajuan yang sangat pesat dari aspek kualitas dan kuantitas sumberdaya manusia, sarana dan prasarana. Universitas Halu Oleo sebagai universitas negeri besar di Kawasan Timur Indonesia (KTI) memiliki tanggung jawab moral untuk memajukan kualitas sumberdaya manusia Indonesia secara umum dan kualitas sumberdaya manusia KTI dan Sulawesi Tenggara secara khusus. Sumberdaya manusia yang berkualitas sangat diharapkan dalam rangka menjawab tantangan globalisasi yang semakin maju, sehingga menuntut pemerintah dan masyarakat Sulawesi Tenggara untuk mengisi dan melaksanakan kegiatan pemerintahan dan kegiatan pembangunan yang professional, efektif, efisien dan berkelanjutan.

Kebutuhan manusia dan industri yang semakin maju dan terus berkembang, tentu membutuhkan keterlibatan semua komponen pembangunan yang memiliki keahlian dan kompetensi yang memadai. Menjawab kebutuhan sumberdaya manusia yang memiliki keahlian dan kompetensi, maka pada tahun 2002 Universitas Halu Oleo memberi ruang seluas-luasnya bagi masyarakat, khususnya masyarakat KTI dan masyarakat Sulawesi Tenggara melalui pembukaan Program Pascasarjana. Rencana pembukaan Program Pascasarjana di Universitas Halu Oleo dibahas dan disetujui melaui rapat Senat Universitas Halu Oleo dengan Surat Keputusan Senat Universitas Halu Oleo No. 1247a/SK/J29/PP/1999 tanggal 30 Juni 1999.  Rencana pembukaan Program Pascasarjana di Universitas Halu Oleo juga didukung oleh Pemerintah Provinsi Sulawesi Tenggara melalui penerbitan rekomendasi No. 890/3076/1999 tanggal 19 Juli 1999. Dukungan lain juga datang dari beberapa perguruan tinggi swasta yang ada di Sulawesi Tenggara dalam bentuk surat pernyataan.

Pembukaan Program Pascasarjana di Universitas Halu Oleo didahului dengan pembukaan Program Magister (S2) yang diselenggarakan melalui kerjasama dengan Universitas Hasanuddin (Unhas) pada tahun 1998 dan Universitas Negeri Makassar (UNM)  tahun 2001. Seiring dari perkembangan yang dicapai Universitas Halu Oleo dan pengalaman bekerjasama dengan Unhas dan UNM, maka pada Tahun 2002, Program Pascasarjana Universitas Halu Oleo (PPs UHO) menyelenggara program pascasarjana secara mandiri dengan dua program studi yaitu Program Studi Agronomi dan Program Studi Agribisnis.  Kesungguhan dan kerja keras Pimpinan Universitas dan Pengelola PPs UHO menjadikan PPs UHO mengalami perkembangan signifikan. Jumlah program studi yang semula sebanyak 2 (dua) pada tahun 2001 menjadi 17 (tujuh belas) Program  Magister (S-2) dan 3 (tiga) program Doktor (S-3) pada tahun 2013.  Program Pascasarjana akan terus melakukan pengembangan program studi dengan mengusulkan pembukaan beberapa program studi baru terutama disiplin ilmu yang sudah berstatus konsentrasi.

Keadaan Program Studi yang dibuka pada Program Pascasarjana Universitas Halu Oleo Kendari mengalami perkembangan terhitung mulai tahun akademik 2009/2010, yang ditandai dengan adanya pembukaan konsentrasi baru disamping 8 (delapan) program studi yang sudah mendapat izin penyelenggaraan dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI. Selanjutnya pada tahun 2013 PPs UHO mendapatkan penambahan 7 (tujuh) program magister baru, yang berdiri berdasarkan mandat dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI. Ketujuh program studi mandat tersebut terdiri atas Program Magister Fisika, Program Magister Ilmu Perikanan, Program Magister Kimia, Program Magister Pendidikan Seni, Program Magister Peternakan, Program Magister Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, dan Program Magister Keguruan Bahasa. Pada tanggal 7 Mei 2014 Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI menetapkan Surat Keputusan Izin Penyelenggaran Program Studi Nomor: 63/E/O/2014, yang terdiri atas Program Magister Fisika, Program Magister Ilmu Perikanan, Program Magister Kimia, Program Magister Pendidikan Seni, Program Magister Peternakan, Program Magister Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, serta Program Magister Pendidikan IPA.  Data tentang program studi pada PPs UHO selengkapnya dapat dilihat pada tabel berikut:

No	Nama Program Studi	SK Dirjen DIKTI Nomor	Tanggal SK
PROGRAM DOKTOR (S3)
1	Ilmu Pertanian	1054/E/T/2011	25 Juli 2011
2	Ilmu Manajemen	996/E/T/2011	14 Juli 2011
3	Ilmu Ekonomi	996/E/T/2011	14 Juli 2011
PROGRAM MAGISTER (S2)
1	Agronomi	1739/D/T/2002 1057/D/T/2006 1710/D/T/K-N/2009	15 Agustus 2002 27 Maret 2006 31 Maret 2009
2	Agribisnis	1739/D/T/2002 1056/D/T/2006 1709/ D/T/K-N/2009	15 Agustus 2002 27 Maret 2006 31 Maret 2009
3	Ilmu Manajemen	798/D/T/2006 4600/D/T/2008	24 Pebruari 2006 19 Desember 2008
4	Administrasi Pembangunan	936/D/T/2006 3314/D/T/2008	17 Maret  2006 17 September 2008
5	Perencanaan dan Pengembangan Wilayah	3061/D/T/2006 1711/D/T/2009	23 Agustus  2006 31 Maret 2009
6	Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial	184/D/T/2007 2684/D/T/K-N/2009	30 Januari  2007 2 Juli 2009
7	Ilmu Ekonomi	4302/D/T/2008	28 Nopember 2008
8	Kajian Budaya	458/E/T/2011	6 Juli 2011
9	Pendidikan Matematika	1782/E/T/2011	11 Nopember 2011
10	Fisika	63/E/T/2014	7 Mei 2014
11	Ilmu Perikanan	63/E/T/2014	7 Mei 2014
12	Kimia	63/E/T/2014	7 Mei 2014
13	Pendidikan Seni	63/E/T/2014	7 Mei 2014
14	Peternakan	63/E/T/2014	7 Mei 2014
15	Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia	63/E/T/2014	7 Mei 2014
16	Pendidikan IPA	63/E/T/2014	7 Mei 2014
17	Pendidikan Keguruan Bahasa	54/E.E2/DT/2014	28 Januari 2014
18	Ilmu Hukum	228/KPT/1/2017	25 April 2017
19	Geografi	228/KPT/1/2017	25 April 2017
20	Manajemen Rekayasa	228/KPT/1/2017	25 April 2017